纳米膜好氧堆肥发酵设备覆膜发酵过程可选用参数控制、节点控制等控制方式，参数控制方式宜选择温度-氧气浓度联动控制，节点控制方式可选择时间节点控制、温度节点控制以及时间-温度节点联动控制。
纳米膜好氧堆肥发酵设备覆膜发酵周期一般应大于20d，判断腐熟度，指标见表5。终止覆膜发酵时，发酵物料不再升温，去膜，堆体无臭味、颜色为灰色、灰褐色或黑色。若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。
纳米膜好氧堆肥发酵设备的二次发酵过程中，严禁再次添加新鲜的堆肥原料。含水率宜控制在40%～45%。为减少养分损失，物料温度宜控制在50℃以下，可通过调节物料层高控制堆温。二次发酵周期一般为15d～30d。发酵终止时，腐熟堆肥的外观颜色为褐色或为灰褐色、疏松、无臭味、无机械杂质;含水率宜小于30%;碳氮比(C/N)小于20：1;耗氧速率趋于稳定。
